Проект и экспертизу делали текущим числом, потому что нарушение уже было зафиксировано при проверке. Внесение изменений - это не уведомительная процедура, а обязательно-принудительная. При внесении изменения в ОПО я предоставлял бухгалтерскую выписку о списании вышедших из строя ТУ, а так же документы о покупке новых. Никто Вам не запретит указать на наличие проекта и ЭПБ.
Была у нас похожая ситуация. Сделали проект технического перевооружения с последующей экспертизой. По вопросу изменения в реестре здесь http://vdon.gosnadzor.ru/activity/registration/Obrazcy%20zajavlenij%20i%20perechni%20predstavljaemyh%20dokumentov..php